Dalam menunjang kegiatan siswa, khususnya untuk kegiatan praktik, SMK Muhammadiyah 3 Purbalingga memiliki Laboratorium yang digunakan untuk praktik siswa, adapun Laboratoriumnya adalah sebagai berikut :
- Laboratorium Komputer
SMK Muhammadiyah 3 Purbalingga memiliki 2 Laboratorium Komputer, dengan setiap laboratorium terdapat 35 Komputer dan 1 Server, dengan kecepatan internet hingga 100 Mbps. dengan Bandwidth yang besar diharapkan para siswa semakin terampil dalam menggunakan kecanggihan teknologi, dan dapat mengembangkan minat yang ada pada siswa.
2. Laboratorium Farmasi (Farmasetika)
Laboratorium Farmasetika digunakan untuk Praktik Pembuatan obat oleh siswa dengan Kompetensi Keahlian Farmasi Klinis dan Komunitas. di Laboratorium Farmasetika terdapat banyak sekali bahan – bahan yang digunakan untuk meracik berbagai macam obat, oleh karena itu setiap siswa yang akan melakukan praktik di laboratorium farmasetika, diwajibkan untuk menggunakan Masker, Sarung tangan, dan jas praktik.