Salah satu kegiatan ekstrakurikuler di SMK Muhammadiyah 3 Purbalingga adalah Sepak Bola. Ekstrakurikuler ini merupakan wahana bagi para siswa untuk mengembangkan bakat dan minatnya dalam bidang olah raga sepak bola. Kegiatan ini dilakukan secara rutin satu kali dalam satu minggu. Kegiatan ekskul ini diampu oleh seorang pelatih profesional. Prestasi dari kegiatan ekskul sepak bola SMK Muhammadiyah 3 Purbalingga relatif banyak. Salah satunya yaitu bahwa diantara peserta ekskul tersebut selalu ada yang masuk dalam tim sepak bola tingkat kecamatan atau komda dalam rangka POPDA.